C'est sur la mécanique qu'ont porté les attentions du constructeur ailé pour ce millésime 2009 de la CRF 250 R : nouvelle culasse (pour améliorer les bas et moyens régimes), boîte retravaillée, suspensions revues, nouveau dessin des freins… Esthétiquement, à côté du classique modèle rouge, une version toute de noire vêtue sera disponible mi-novembre (mi-octobre pour la rouge) pour un tarif identique de 7 290 € (le même qu’en 2008).